소설은 일본(나가사키 지방)에 선교하러 온 포르투갈 신부들이 당국의 핍박을 이기지 못하고 (최소한 겉으로는)어떻게 배교하게 되는지에 대해 다루고 있다. 신부의 고뇌, 특히 '왜 하느님이 자신에게 침묵하는가'에 대한 근본적인 질문과 항의는, 소설 전체에 걸쳐 작가가 끈질기게 물고 늘어지는 주제이기도 하다. 서간문 형태로 '제3자' 입장에서 바라본 일본의 가톨릭 공동체를 기술하던 소설은, 중반 이후 신부에 대한 전지적 관점에서 이야기를 풀어나간다. 결국 그의 질문을 이해하고 그가 얻어낸 답변을 들을 수 있는 것은 독자(와 작가와 하느님) 뿐이다. 그러나 최소한 소설에서, 독자와 작가는 문학적으로는 (모든 것을 알 수 있다는 측면에서는) 신의 위치에 있지만, 그들이 알고 있는 것이 진실인지 라는 측면에서는 신과 분명 구분되는 위치에 있다. 종교 소설의 모순, 전지적이지만 우리가 알 수 없는 영역을 그어놓아야 한다는 한계.