도쿠위키는 현존하는 (소형) 위키 엔진 중 가장 범용적이고 간편한 솔루션이다. PHP를 사용하기 때문에 배포가 쉬우며, 그렇지만 모던 PHP에 종속되지 않기 때문에 일반적인 호스팅 환경에서도 잘 작동하고, 파일 기반이기 때문에 저사양에서도 잘 작동한다. 코어 엔진은 극히 최소한의 기능만 담고 있으며 추가적인 기능은 extension으로 구현하도록 되어 있다. 즉 도쿠위키는 다른 위키엔진보다도 더 유연하고 개인화되어있다. 사실상 ‘개인 위키’란 컨셉에 가장 잘 들어맞는 소프트웨어는, 지금까지도 도쿠위키다. 그러나, 아래 마크업 단락에서 다루듯 도쿠위키가 가진 단점 또한 선명하다.

도쿠위키는 여타의 다른 마크업 언어와는 전혀 다른, 상당히 괴상한 문법을 하고 있다. 가장 거슬리는 것은 h1에서 아내로 내려가면서 등호의 개수가 줄어드는 것이다. 단순히 ‘가장 상위의 단락 기호는 가장 눈에 잘 띄여야 한다’라는 생각으로밖에 읽히지 않는, 쓰레기같은 문법이다. 의미론적이고 기능적인 차원에서 헤딩은 하위로 갈 수록(즉 깊어질 수록) 더 많은 수의 기호로 정의되어야 하는 것이 맞다. markdown이나 asciidoc 등 수많은 다른 마크업들이 괜히 반대로 규정하는 것이 아니다. 도쿠위키의 단 하나의 단점을 꼽자면, 이러한 불합리한 마크업 문법을 꼽을 수 있을 정도다.